消化系统病理亚专科依托南昌大学第一附属医院病理中心、消化内科、普外科、肿瘤科，在我院最早成立了消化系统临床病理MDT团队，为患者提供规范精准化诊疗。

消化系统病理亚专业分为胃肠道、胰腺及肝胆三个方向。对胃肠道早癌、胰腺癌、肝癌及炎症性肠病的规范诊断具有丰富的经验。消化系统常规活检及手术标本量是全省数量最多、病种最全、技术最完善的亚专科之一。近年消化系统分子病理发展迅速，开展了（荧光原位杂交（FISH）、一代测序、二代测序、CTC等技术，在指导临床制定治疗策略及预测肿瘤生物学行为等方面也发挥着重要的角色。

目前消化系统病理亚专业有：1名主任医师，2名副主任医师，6名主治医生。主持相关课题有：省部级课题5项，厅级课题7项；发表SCI及核心期刊20余篇。