1978年，江西医学院第一附属医院建立起省内首个消化内科实验室，拉开了江西省消化疾病领域基础与临床研究的帷幕。1992年实验室升格为江西医学院消化内科研究所，2009年升格为江西省消化疾病研究所，现已成为集江西省消化疾病重点实验室、江西省临床医学研究中心、江西省高等学校高水平工程研究中心、江西省引才引智创业创新基地于一体的引领江西省消化疾病诊疗发展的科研高地。研究所依托于南昌大学第一附属医院消化内科，是我省首个“国家临床重点专科”、教育部“211”工程重点建设学科。

   研究所总面积2000平方米，分布在南昌大学第一附属医院东湖院区和南昌大学东湖校区两个院区，设有：幽门螺杆菌研究室、肠病研究室、肝病研究室、胰腺疾病研究室、消化肿瘤研究室、细胞生物学研究室、消化病理研究室、胃肠微生态研究室、精密仪器测试中心、公共实验室。研究所拥有各种科研仪器设备120余台套，总价值3000余万元，其中40万元以上精密仪器30余台套，为全省消化系疾病的基础与临床研究提供优质平台。

   研究所目前拥有一支老中青三结合的优秀科研队伍，共有研究人员90余人，其中专职研究人员12人。具有博士学位54人，具有高级职称34人，其中二级教授6人。享受国务院特殊津贴专家3人；卫生部有突出贡献中青年专家1人；江西省赣鄱英才“555”人才工程人选4人；井冈学者1人；江西省主要学科学术与技术带头人3人；江西省百千万人才工程人选4人；江西省双千人才1人；江西省高校中青年学科带头人6人；江西省卫生系统高层次学科带头人2人；江西省卫生厅有突出贡献中青年专家4人；江西省青年学科学术与技术带头人3人；南昌大学赣江特聘教授、赣江青年学者、香樟英才、香樟育才人选近20人。

经过多年努力和发展，研究所已经形成6个主要研究方向：（1）幽门螺杆菌的基础与临床研究；（2）胰腺疾病的基础与临床研究；（3）肝脏疾病的基础与临床研究；（4）消化系肿瘤的基础与临床研究；（5）炎症性肠病的基础与临床研究；（6）消化疾病的现代诊断。

   研究所先后主持承担厅级以上科研项目400余项，其中国家级科研项目近100项，包括国家“十二五”重大新药创制专项1项，国家“863”项目1项，国家“973”前期项目1项，国家自然基金项目98项，国家中小企业创新基金项目1项，国际合作项目1项。发表学术论文1200余篇，其中SCI收录350余篇，中文核心期刊发表450余篇。获省部级科研成果奖20余项，其中省部级科技进步一等奖4项，二等奖7项。获国家发明专利5项。

   自1985年开始培养研究生，并成为临床医学博士后科研流动站及国家“211工程”重点建设学科的主要研究方向。迄今共招收博/硕士研究生500多人，近5年有4人获国家公派留学基金资助出国，13人次获江西省优秀博/硕士论文，获研究生创新专项资金26项。

   研究所高度重视学术交流，近年来先后承办了全国性学术会议或学术活动26次，包括第三次、第四次、第五次全国幽门螺杆菌共识会议。学科带头人及中青年骨干在中华消化学会、中华消化内镜学会、中国医师协会胰腺病学会等国家级学会承担常委和副主委等职；并连续两届成为中华消化学会幽门螺杆菌学组组长单位，主持制定了我国“第四次”和“第五次”全国幽门螺杆菌感染处理共识。