近年来发现肠道菌群失衡在多种疾病发生发展中发挥重要作用，因此纠正肠道菌群失衡可作为疾病治疗的靶点。肠道菌群移植是将健康人肠菌及代谢产物移植到患者肠道中，以重建患者肠道微生态系统的新兴治疗方法，已被指南推荐用于难治性艰难梭菌感染等疾病治疗。消化内科已开展肠道菌群移植治疗急性胰腺炎、糖尿病、抗生素相关腹泻等，治疗效果显著，对供体受体配型、移植时机、移植频率和疗程等具有丰富的临床经验，为炎症性肠病、便秘以及胃肠外疾病如自闭症、帕金森病等患者提供新的治疗方法，具有较好的社会和经济效益。

粪菌移植